Les Comités majeurs soutiennent des projets phares et expérimentaux, co-construits avec les associations, répondant aux enjeux forts en matière de biodiversité pour l'un et de pédagogie active au contact de la nature pour l'autre. Chacun est composé d'un jury d'experts de la société civile (scientifiques, pédagogues, spécialistes dans leur domaine) et de salariés Nature & Découvertes naturalistes et passionnés. Chaque comité annuel examine entre 10 et 20 propositions présélectionnées par l'équipe de la Fondation qui seront financés à partir de 6 000 € et jusqu'à 15 000 € pour les projets à portée nationale.

Le comité « Pédagogie active au contact de la nature » soutient des projets référents en matière de connexion à la nature. Il se réunit au mois de juin pour voter les dotations.

Le comité « Biodiversité » soutient de projets référents en matière de conservation de la nature et des espèces. Il se réunit au mois d'octobre pour sélectionner les lauréats.

Le Comité « Coup de main » soutient des initiatives de protection, de sensibilisation et d'éducation à la nature ordinaire ou remarquable en ciblant des projets de terrain à dimension locale, avec une forte part de bénévolat, pour réaliser des actions concrètes. Il est composé d'un jury tournant de 20 salariés passionnés de nature issu des équipes de Nature & Découvertes et accompagnés d'experts. Ils se réunissent au fil des saisons : en février, avril, juillet et octobre pour voter le financement des projets compris entre 500 € et 3 000 €.

Dates de dépôt des candidatures : tout au long de l'année.